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之前提到的clustalo, muscle, mafft 适用于几千到几万条序列的多序列比对，在比较基因组学的分析中，需要对不同基因组的序列进行多序列比对。对于基因组规模的多序列比对而言，之前的工具运行速度上就不够理想了。

kalign 是一款针对大规模序列的多序列比对工具，无论是运行速度，还是比对的准确度，都令人满意。官网如下

http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi

在对应的文献中，利用测试数据集，评估了不同软件的运行速度和多序列比对的准确度，结果如下

从速度上看，Kalign遥遥领先，从准确到上看，kalign和muscle, mafft 的准确度非常接近。

kalign支持核酸和蛋白质的多序列比对，软件的安装过程如下

wget http://msa.sbc.su.se/downloads/kalign/current.tar.gz
tar xzvf current.tar.gz
./configure
make

编译好的可执行文件的名字为kalign, 基本用法如下

kalign input.fa > out.fa

默认输出fasta格式的多序列比对结果，也支持clustalw, msf 等格式。

EBI提供的kalign的在线服务网址如下

https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/kalign/

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